C’est pendant l’affaire Dreyfus que Pierre Waldeck-Rousseau est investi président du Conseil le 26 juin 1899, fonction qu’il cumule avec celle de ministre de l’Intérieur et des Cultes à la tête d’un gouvernement de « Défense républicaine ». Il profite de l’unité des républicains pour faire aboutir la proposition de loi relative à la liberté d’association qu’il promeut depuis 1882, alors jeune ministre de l’Intérieur de Gambetta puis de Jules Ferry.
Le 14 novembre 1899, il dépose donc à la Chambre son projet de loi. Au terme d’une longue discussion parlementaire, la loi « relative au contrat d’association » est votée par la Chambre des députés le 28 juin 1901, et promulguée le 1er juillet suivant.